证券法规定，证券登记结算采取全国集中统一的运营方式，是指不管哪一个证券登记结算机构，其登记和结算都必须是全国集中统一的，这也是证券登记结算的特点所决定的。分散运营，证券登记结算业务将无法运作。
证券登记结算机构章程的制定，是指机构自身关于组织管理、内部运作程序、运作规范、活动方式等重大问题作规定。证券登记结算机构的业务规则的制定是指证券登记结算机构自身关于机构从事登记结算业务的基本规则、业务活动的方式、方法、处理业务的原则等作规定。机构章程和业务规则的拟订权利在证券登记结算机构，但所制定的章程和规则必须要依据法律、行政法规的规定制定，并报经国务院证券监督管理机构批准。因为证券登记结算对证券交易有着重要的影响，也直接涉及到证券交易参与人的切身利益，因此对证券登记结算机构的章程和业务规则的制定必须进行必要的规范和监督。